À 10 ans, il ne mesure que 1,11 mètre : un médecin décèle une maladie hormonale. Sa carrière professionnelle est compromise. «Sans hormones de croissance, Lionel aurait atteint, au mieux, 1,50 mètre à l'âge adulte », racontait son père, Jorge, dans L'Équipe Magazine. A l'époque, aucun club argentin ne veut s'engager à payer son traitement à cause de la crise économique qui commence à sévir dans le pays. La famille Messi ne pouvait offrir le traitement de 750 euros mensuels.
La famille ne se résigne pas et le présente en test au FC Barcelone en juillet 2000. Carles Rexach, le responsable du centre de formation blaugrana, n'hésite pas et, selon la légende, fait signer le père de Messi sur une serviette en papier, un contrat « symbolique » en échange de la gratuité des soins médicaux.
Après cet essai concluant, La Masia, le centre de formation du FC Barcelone, prend en charge les soins médicaux de l'argentin qui s'installe en Catalogne en 2000 avec sa famille.
Lors de son deuxième match avec l'Infantil B (l'équipe de jeunes du Barça), il se fracture le péroné et devient indisponible pendant trois mois. En 2001, c'est un litige avec son ancien club (Newell's Old Boys) qui l'éloigne des terrains de février à juin. Messi poursuit ensuite sa formation dans toutes les équipes de jeunes et démarre très rapidement avec l'équipe première
